Pulmonary bacterial infections in adult patients hospitalized for COVID-19 in standard wards.

OBJECTIVES: During the COVID-19 pandemic, antibiotic use was very common. However, bacterial co-/secondary infections with coronaviruses remain largely unknown in standard wards. We aimed to investigate the characteristics of pulmonary bacterial infections associated with COVID-19 in hospitalized patients. METHODS: A retrospective monocentric observational study was conducted in Bichat hospital, France, between February 26 and April 22, 2020. All patients hospitalized in standard wards with COVID-19 (positive nasopharyngeal PCR and/or typical aspect on CT-scan) and diagnosed with pulmonary bacterial infection (positive bacteriological samples) were included. Bacteriological and clinical data were collected from the microbiology laboratories and patient's medical records. RESULTS: Twenty-three bacteriological samples from 22 patients were positive out of 2075 screened samples (1.1%) from 784 patients (2.8%). Bacterial infection occurred within a median of 10 days after COVID-19 onset. Diagnosis of pulmonary bacterial infection was suspected on increase of oxygen requirements (20/22), productive cough or modification of sputum aspect (17/22), or fever (10/22). Positive samples included 13 sputum cultures, one FilmArray® assay on sputum samples, one bronchoalveolar lavage, six blood cultures, and two pneumococcal urinary antigen tests. The most frequent bacteria were Pseudomonas aeruginosa (6/23), Staphylococcus aureus (5/23), Streptococcus pneumoniae (4/23), Enterococcus faecalis (3/23), and Klebsiella aerogenes (3/23). No Legionella urinary antigen test was positive. Four out of 496 nasopharyngeal PCR tests (0.8%) were positive for intracellular bacteria (two Bordetella pertussis and two Mycoplasma pneumonia). CONCLUSIONS: Pulmonary bacterial secondary infections and co-infections with SARS-CoV-2 are uncommon. Antibiotic use should remain limited in the management of COVID-19.

Description des cas possibles de COVID-19 dans un établissement de santé de référence

Introduction Un nouveau coronavirus responsable de pneumonies a été identifié fin décembre 2019 dans la région de Hubei, en Chine : le SARS-CoV-2. Au 14/02/20, 64 460 cas ont été recensés dans le monde dont 99 % en Chine, avec une mortalité globale estimée à 2,1 %. L’unité des risques épidémiologiques et biologiques (REB) de notre établissement de santé de référence (ESR) a été mobilisée pour la prise en charge diagnostique des cas possibles. L’objectif de ce travail est de décrire les caractéristiques de ces patients. Matériels et méthodes Les cas étaient classés possibles à partir des critères proposés par Santé Publique France, modulés par les cliniciens de notre ESR en tenant compte de l’évolution rapide des données cliniques et épidémiologiques disponibles. Tous les cas possibles bénéficiaient d’un prélèvement naso-rétro-pharyngé avec RT-PCR spécifique SARS-CoV-2 et PCR multiplex respiratoire. Résultats Sur la période du 21/01 au 14/02/20, l’unité REB a reçu 288 signalements de patients suspects dont 101 (35,1 %) ont été classés cas possibles. Parmi ces cas, l’âge moyen était de 36 ans [26–42,5] et le sex-ratio de 0,7. Dix-huit (17,8 %) personnes revenaient de la région de Hubei, 63 (62,4 %) revenaient de Chine hors Hubei, 12 (11,9 %) avaient été en contact avec un cas confirmé et 10 (9,9 %) avaient eu un contact avec le système de santé en Chine. Le délai moyen entre le début des symptômes et le signalement était de 6jours [1–7]. Cliniquement, 45 (44,6 %) patients présentaient de la fièvre, 93 (92,1 %) des signes d’infection respiratoire basse et 41 (40,6 %) des signes d’infection respiratoire haute. Les signes d’infection respiratoire basse et haute étaient isolés chez 57 (56,4 %) et 5 (5,0 %) patients respectivement. Six (5,9 %) patients présentaient de la diarrhée et 3 (3,0 %) une conjonctivite. Quatre cas avaient une infection confirmée à SARS-CoV-2 dont 1 patient hospitalisé en réanimation. Parmi les 97 cas infirmés, 50 (51,5 %) avaient une infection virale respiratoire documentée dont 28 (28,9 %) un virus Influenza, 9 (9,3 %) un rhinovirus, 5 (5,2 %) un autre coronavirus, 4 (4,1 %) un adénovirus, 4 (4,1 %) un métapneumovirus et 3 (3,1 %) un virus respiratoire syncytial. Quarante-trois (44,3 %) des infections n’ont pas été documentées. Concernant les patients dont la PCR multiplex était négative, 41 (95,3 %) patients présentaient des signes d’infection respiratoire basse et 13 (30,2 %) des signes d’infection respiratoire haute. Conclusion Parmi les cas possibles d’infection à SARS-CoV-2, la majorité des patients était jeune et présentait des signes cliniques aspécifiques de virose respiratoire sans gravité. La grippe était le diagnostic virologique différentiel principal et 44 % des personnes testées avaient une PCR multiplex respiratoire négative.

Co-infection et surinfection bactérienne chez les patients hospitalisés pour COVID-19: une étude rétrospective monocentrique

Introduction Durant la pandémie de COVID-19, la prescription d’antibiotique a été importante. Cependant, les surinfections et co-infections bactériennes associées aux coronavirus sont peu décrites, et concernent principalement les patients de soins intensifs. Matériels et méthodes Une étude observationnelle rétrospective monocentrique a été menée dans notre CHU du 26/02/2020 au 22/04/2020. Ont été inclus tous les patients hospitalisés pour une COVID-19 (PCR respiratoire positive à SARS-CoV-2 ou atteinte scannographique compatible) hors service de réanimation et présentant une infection bactérienne documentée par un prélèvement bactériologique positif parmi: prélèvement respiratoire (ECBC, aspiration bronchique, LBA), hémoculture, antigénurie légionnelle ou pneumocoque, ou PCR nasopharyngée (Bordetella pertussis, Mycoplasma pneumoniae et légionnelle). Les données bactériologiques ont été obtenues par les laboratoires de bactériologie et virologie et les données cliniques recueillies à partir du dossier médical des patients. Résultats Au total, 2710 prélèvements ont été réalisés chez 778 patients hospitalisés: 957 hémocultures, 169 ECBC, 3 aspirations bronchiques, 2 LBA, 537 PCR nasopharyngées, 517 antigénuries légionnelle et 525 antigénuries pneumocoque. Quarante et un prélèvements étaient positifs (1,5 %) dont quatorze ont été considérés comme une colonisation par les cliniciens. Vingt neuf prélèvements positifs (1,1 %) ont été considérés comme pathogènes chez 27 patients (3,5 %): 15 ECBC, 2 aspirations bronchiques, 1 LBA, 7 hémocultures, 2 antigénuries et 4 PCR nasopharyngées. Parmi les 27 patients, 18 (66,7 %) avaient des comorbidités dont 10 (37 %) une pathologie respiratoire chronique. Huit patients (29,6 %) étaient sous traitement immunosuppresseur au long cours et 15 (55,6 %) ont reçu des corticoïdes ou autres traitements immunomodulateurs pour la COVID-19. Le delais entre l’apparition des symptômes de COVID-19 et la survenue de la surinfection bactérienne était en moyenne de 11jours. Les arguments en faveur d’une surinfection étaient l’augmentation des besoins en oxygène (n=22, 81,5 %), la toux expectorante (n= 20, 74,0 %) ou la modification de la toux (n=5, 18,5 %) et la présence de fièvre (n= 5, 18,5 %). Un patient avait un tableau de sepsis. Les pathogènes les plus fréquemment retrouvés nétaient: Pseudomonas aeruginosa (n=8, 29,6 %), Staphylococcus aureus (n=5, 18,5 %), Streptococcus pneumoniae (n=4, 14,8 %) et Enterococcus faecalis (n=3, 11,1 %). Quatre patients (0,5 %) avaient une co-infection à bactérie intracellulaire: 2 à Bordetella pertussis et 2 à Mycoplasma pneumoniae. Aucune antigénurie légionnelle n’est revenue positive. Conclusion Le taux de surinfections et de co-infections bactériennes dans la COVID-19 semble faible. Ce faible taux est en faveur d’une utilisation limitée des antibiotiques dans la prise en charge de la COVID-19.